团队缺乏经验：申报材料表面看起来完整，没问题。但是团队缺乏实操经验，不清楚材料具体应该怎么准备。
无效材料多，知识产权关联性不强：企业自评知识产权评分达标，实际上是自己“高估”。企业纯粹为了申报高企而申请专利，软著与研发项目和产品的关键技术完全不搭界，张冠李戴。
管理制度漏洞百出，真实性存疑：管理制度一般是高企认定中的后补充材料，常常容易出现制度写明了有具体金额的奖励激励，但没有发奖金、汇款或现金签收的凭证。
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