子公司，是指一定比例以上的股份被另一公司持有或通过协议方式受到另一公司实际控制的公司。虽然子公司受母公司的控制，但在法律上，子公司仍是具有法人地位的独立企业。子公司的独立性主要表现在：拥有独立的名称和公司章程；具有独立的组织机构；拥有独立的财产，能够自负盈亏，独立核算；以自己的名义进行各类民事经济活动；独立承担公司行为所带来的一切后果与责任，是可以申请高新技术企业认定。
分公司，是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构，在法律上、经济上没有独立性，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。则不可以申请高新技术企业认定。
从以上两个概念中，我们可以总结出来两者最主要的区别，那就是：子公司有独立法人，分公司没有独立法人。
根据办法规定：只能是独立的法人单位可以有资格申请高新技术企业认定。
因此，独立核算的分公司由于没有独立的法人，不能单独申请高新技术企业认定，也不会因为总公司是高新技术企业而享受到税收减免的；但集团下属的子公司，由于是具有独立法人资格的，因此只要符合办法中的相关要求，就可以单独申请高新技术企业的认定，且成功认定后同样能享受到税收优惠。
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